Floreant werkt met het raad-van-toezicht-model, waarbij het hele bestuurlijk proces met uitzondering van het toezicht in handen is van het College van Bestuur. De toezichthoudende functie ligt bij de Raad van Toezicht. Het College van Bestuur is eindverantwoordelijk op stichtingsniveau. Het stelt het beleid vast en treedt bovendien op als ‘bevoegd gezag’ in het kader van de wet. Hij legt verantwoording af aan de Raad van Toezicht.
Om de organisatie te ondersteunen, is er een bestuurskantoor. Het bestuurskantoor staat onder leiding van de voorzitter College van Bestuur.
De stichting heeft negen basisscholen. Elke school heeft een directeur.
De besturingsfilosofie van Floreant gaat uit van eenheid in verscheidenheid: de bestuurlijke en daarvan afgeleide verantwoordelijkheden liggen zo laag mogelijk in de organisatie. De directeuren hebben binnen de strategische kaders van de stichting de vrijheid hun eigen beleid te voeren op de scholen.
De verschillende beleidsplannen worden met instemming van de (Gemeenschappelijke) Medezeggenschapsraad vastgesteld.